In augustus 1864 werd ze vrijgelaten in een gevangenenruil – ze werd geruild voor een officier van de Confederatie. Ze was aanzienlijk afgevallen en haar gezondheid was blijvend beschadigd. Ze keerde onmiddellijk terug in dienst.
11 november 1865: President Andrew Johnson kende Mary Edwards Walker de Medal of Honor toe voor haar dienst tijdens de Burgeroorlog. In de toelichting werd haar « waardevolle dienst » geprezen, waaronder haar « toewijding aan de zieken en gewonden » en haar gevangenneming terwijl ze « medische hulp verleende aan de gewonden ».
Ze was de eerste en enige vrouw die het ontving. Ze droeg het de rest van haar leven elke dag.
Na de oorlog werd Mary schrijfster, spreker en activiste. Ze voerde campagne voor:
Vrouwenkiesrecht (het recht om te stemmen – dat pas in 1920 zou worden ingevoerd)
Kledinghervorming (ze was tegen korsetten en pleitte voor praktische kleding voor vrouwen)
Vrouwenrechten (in veel staten konden getrouwde vrouwen geen eigendom bezitten)
Temper
